第二门诊部是北京大学口腔医院于2001年为缓解人民群众看牙病难及配合北京市的申奥工作成立的分支机构，位于朝阳区奥运村地区，法人代表与总院相同，现为郭传瑸院长，性质为国有非营利性，是北京市基本医疗保险定点专科医疗机构，执行与北京大学口腔医院统一的医疗质量管理制度和收费标准。现在已发展为以临床医疗为主，同时承担一定教学和科研工作的中型口腔专科医疗机构。第二门诊部现有各级专家和医师86人，80%具有硕士或博士学位，护技112人，行政及辅助人员21人，诊疗面积为3040平方米，共有49台牙科综合治疗台，设有种植、修复、正畸、牙周、牙体牙髓、口腔颌面外科（门诊）、儿童口腔等诊疗专业。除了开展洗牙、补牙、拔牙、牙齿矫正、镶牙等常规治疗外，还开展无托槽隐形正畸、轻力高效矫治、微动力系统辅助拔牙、牙周美容手术、美学修复、牙齿美白、多学科协作口腔综合治疗设计、儿童全麻下治疗牙病、显微根管治疗术、显微根尖手术等特色治疗项目。由外科、修复、牙周专业医师组成的种植团队，从种植前到种植后的各个阶段都依据患者病情制订了详尽的个性化治疗方案，每年完成千余例的高质量种植修复。自成立以来未发生1例医疗事故，日均门诊量达400人次。第二门诊部采用电话预约就诊制度，无须早起排队挂号，开诊时间为早8：00－晚6：00，周六、日全天门诊，适合不愿因为看牙耽误上班和孩子学习的居民。第二门诊部秉承我院“厚德尚学，精医济世”的院训，坚持“以人为本，规范创新，创造美好生活”核心理念，努力向患者提供与国际接轨的口腔疾病门诊治疗服务。